Хотя природа озера лаконична, цветущие летом растения, многие из которых эндемики, радуют своими яркими цветами. Здесь можно встретить подснежники, лапчатку, тимьян, эдельвейсы и множество других представителей флоры. На острове Ольхон сохранился реликтовый ельник.